Her peynir gibi kaşar peynirinin tüketimi de sağlık açısından büyük önem taşır. Özellikle ileri ki dönemlerde ortaya çıkacak kemik erimelerini önler. Çocuklarda kemik gelişimini de destek sağlar. Ağız ve diş sağlığı üzerinde olumlu etkileri bulunur. Diş ve diş etlerinin korunmasında önemlidir. Antioksidan bakımından zengin bir besin olduğundan dolayı vücutta enfeksiyon oluşma riskini en aza indirger. Bağışıklığı güçlendirerek, vücudun direncini arttırır. Gözlerde oluşan çeşitli rahatsızlıkları gidermede etkilidir. Gece görüşünü iyileştirmede de olumlu etkileri bulunur.
Besinlerin daha rahat bir şekilde sindirilmesini sağlar. Mide şişkinliği, gaz gibi problemleri giderir. Bağırsak sağlığını iyileştirerek kabızlık gibi problemleri ortadan kaldırır. Damar sertliği, tıkanıklığı gibi çeşitli kalp ve damar hastalıklarının oluşma riskini düşürür. Yüksek tansiyonu düşürerek kalp krizini önler. Vücutta kolajen üretimini destekler. Cilt sağlığını koruyarak cildi nemlendirir ve kırışıklıkları azaltır. Beyin fonksiyonlarının gelişmesinde de önemli rolleri bulunur. Unutkanlık, odaklanma, hafıza kaybı gibi durumları önler.
Kaşar peyniri, yağ oranı bakımından yüksek bir besindir. Fazla tüketildiği zaman kişide kilo alımına sebep olur. Aynı zamanda kolesterol yüksekliğine de yol açabilir. Laktoz intoleransı olan kişilerde bazı sindirim problemleri de görülebilir.
